植物RNA提取試劑盒說明書

產品編號：BTN3080

規格：50T/250T

產品及特點：

本產品是我們公司開發的獨特產品，其原理完全不同于異硫氰酸胍/酚/氯fang提取方法，克服了后者不能區分RNA (本質上是多糖)和其他植物多糖的缺點，能將RNA和其他植物多糖分開，同時還能有效去除多酚和其他植物次級代謝成份。其有效性在近五十多種各類植物（見附錄，包括十分棘手的松柏類植物）中得到驗證。

1. 適用于大多數植物，從五十多種植物材料中都成功提取到了總RNA，其中包括松針、柏樹、香蕉等用胍/酚/氯fang方法未能提取到RNA的植物（注：部分植物組織，如果實， RNase含量高, 需要另外加RVC抑制其活性）。

2. 操作簡單快速，zui短可以只需要約十五分鐘，可以全在室溫下進行。

3. 得到的RNA平均 OD260/280在1.9左右，可直接用于RT-PCR和Northern等研究。

規格及成分：

保存條件：

常溫運輸，4℃保存，有效期一年。

自備試劑：

氯fang、75%乙醇、RNA溶解液。

使用方法：

1. 準備

a） 估算試劑和組織細胞的用量并準備足夠的氯fang、75%乙醇和RNA溶解液 (如RNASAVER、無RNase的水或有滅活殘留RNase活性的液相RNase清除劑)。每次微量提取一般需要100-200 mg植物葉片、或50-100 mg植物種子、或200-500 mg植物果實。

b） 溶解溶液A沉淀。溶液A在4℃放置后可能會產生沉淀，使用前必須放在65℃水浴使沉淀徹底溶解。

2、勻漿

a） 先將新鮮植物組織剪切成小塊(保存在RNALOCKER中的植物組織需用紙吸去RNALOCKER液體后再剪切成小塊)，放入10-15 mL塑料離心管中，加入1 mL溶液A，然后用勻漿器勻漿5-20秒，將不超過1 mL的勻漿液轉移至干凈的1.5 mL塑料離心管中(可以不必轉移非液體的細胞碎片)。勻漿時會產生泡沫，但不影響提取效果。有的植物組織（果實）含有大量水份，勻漿液會多于1 mL，轉移時也只取1 mL。

b） 如果用硯磨法破碎植物組織，需將植物組織浸泡在1 mL溶液A中再硯磨，盡量避免植物組織跟空氣直接接觸，然后將硯磨物轉移到新的1.5 mL離心管中。

3、一次分相

a） 在裝有裂解物的離心管中加入0.3 mL的溶液B和0.2 mL自備氯fang，用手上下顛倒或振蕩器振蕩30秒混勻，此時溶液呈均勻的乳濁狀。振蕩器振蕩時必須使管底溶液震蕩起來。

b） 室溫12000-15000 g離心5分鐘，兩相間將有約5-10毫米厚的細胞破碎物。

c） 將上清液(約0.8 mL)轉移到另一干凈的1.5 mL塑料離心管中，下層有機相和中間層含有DNA、蛋白質和其他雜質，避免觸及或吸取。zui好留下100 μL上清液不取。

4、第二次分相

a） 在上清液中加入0.5 mL的溶液C和0.2 mL的自備氯fang，用手上下顛倒或振蕩器振蕩30秒混勻，此時溶液呈均勻的乳濁狀。振蕩器振蕩時必須使管底溶液震蕩起來。

b） 室溫12000-15000 g離心3分鐘，兩相間將有白色膜狀物(蛋白質)形成。

c） 將上清液(約1 mL)轉移到另一干凈的1.5 mL塑料離心管中,避免觸及或吸取有機相及其上面的白色膜狀物。

5、沉淀

a） 在上清液中加入0.5倍體積的溶液D，用手上下顛倒或振蕩器振蕩30秒混勻，此時溶液呈白色渾濁狀。振蕩器振蕩時必須使管底溶液震蕩起來。如果提取 50 mg以下的微量植物組織樣品，zui好在此步加入我們公司的微量助沉劑RNADOWN。

b） 室溫12000-15000 g離心3-5分鐘，RNA將在管底形成白色沉淀（約黃豆大小）。如果組織樣品量少或需要提高RNA回收率，也可以延長離心時間到20-30分鐘。

c） 小心移棄上清液，避免觸及管底RNA沉淀。

注意：如果加入溶液D離心后沉淀漂浮在上面，說明植物糖份多，溶液比重大，可以少加植物樣品，也可以適當加無RNase的水稀釋直到沉淀能夠沉下去為止。如果離心后管底有類似氯fang的相出現，說明上一步離心時間不夠或取上清時取到了下層的有機相，可以適當延長離心時間或取上清時留下約100 μL不取或在第四步時加0.3 mL的自備氯fang。

6、一次清洗

a） 在離心管中加入1mL 75%的乙醇，振蕩器上振蕩混均30秒。

b） 室溫12000-15000 g離心1分鐘，RNA將在管底形成細小沉淀（約芝麻大?。?。

c） 小心吸棄上清液,注意不要吸棄RNA沉淀。

7、第二次清洗

a） 重復第六步一次。

b） 短暫快速離心，用移液槍小心吸棄殘留液,注意不要吸棄沉淀。此步將有效去除殘留的乙醇，否則后續反應會受到影響。

8、溶解

a） 加入適量(一般為20-100 μL) RNA溶解液使RNA沉淀溶解，存放于-80℃或立即使用。千萬不要用真空離心法使RNA沉淀過于干燥,否則RNA將變得十分難溶。

9、檢測

a） RNA完整性的電泳檢測

如果需要做Northern雜交，強烈建議用戶使用甲醛變性膠進行RNA電泳，因為非變性膠不能分離所有的RNA分子（BioTechniques，28：414，2000）。如果是簡單檢測，可以使用TAE或 我們公司的SuperBuffer-2 DNA/RNA兩用快速電泳液，但文獻報道必須使用變性上樣液（BioTechniques，9：558，1990）。普通DNA上樣液不含變性劑，也沒經過去RNase處理，所以zui好不要使用。

尤其需要注意的是不要使用TBE進行RNA電泳，因為TBE所含硼酸是研究多糖的經典方法----硼酸絡合法中的關鍵成分，硼酸通過與RNA核糖中的羥基發生絡合反應，形成RNA分子內或RNA分子間的絡合復合物，使同樣長度的RNA具有不同的泳動速度，電泳條帶彌散，同時有大的RNA絡合復合物遲留在加樣孔中（一般會誤以為是基因組DNA污染）。RNA分子內或RNA分子間的絡合物的形成的多少和比例又與硼酸與RNA的數量比例有關，而RNA樣品中污染的其他多糖（如植物中提取的RNA）也會參與此反應，使硼酸對RNA電泳的影響更復雜，所以TBE對RNA電泳的影響沒有規律性和重復性。有的樣品可以使用有的又不行，zui好是避免使用。

由于動物細胞中70-80%的RNA為rRNA，后者又由28S (約4800 nt)，18S (約1900 nt)和5.8S (約120 nt)三種組成，所以變性膠電泳后應該在UV下看見三條清晰的rRNA帶。由于核酸長度與結合EB的數量成正比（當然還與RNA的二級結構有關，雙鏈部分結合能力比單鏈部分強），所以28S rRNA條帶的熒光強度一般比18S rRNA條帶的熒光強度強1.5-2.3倍。如果這兩條rRNA帶不清晰或比例小于此范圍則表示RNA有降解（因為大的RNA被酶降解的可能更大）。

跟動物一樣，植物果實和種子的RNA一般有三條電泳帶，但植物葉片的RNA有四條或更多rRNA帶，多余的RNA來源于葉片中大量存在的葉綠體。

b） RNA產量產率測定

將5-10 μL RNA溶于TE緩沖液中(pH7.5-8.2之間)檢測其在OD260的光吸收。通過光吸收可以得出RNA濃度（1 OD260的RNA=40 μg/mL），進而計算出RNA的產量（濃度X體積)和產率(RNA產量/組織用量)。

注意不要將RNA稀釋在DEPC水中檢測OD260和OD280，否則光吸收比在TE中測得的低10%-15%，因為核酸光吸收跟溶液pH相關，而DEPC水中的DEPC高壓分解后產生的CO2 與水反應生成碳酸，使溶液pH降低進而降低RNA的光吸收。RNA的產率還隨組織的營養狀態和組織的種類不同而不同，100 mg種子的RNA產量一般為100-120 μg，100 mg葉片為30-60 μg, 100 mg果實為20-40 μg。

c） RNA純度測定

無污染的總RNA的OD260/OD280一般在1.8-2.1之間(具體數值與其堿基組成和溶液成分等多種因素有關)，OD260/OD230一般在2.0-2.3之間，如果低于或高于此范圍則分別表示樣品可能有蛋白質或多糖的污染，但一般不影響RT-PCR等反應。蛋白質污染可以通過酚/氯fang抽提一次然后酒精沉淀去除，DNA和多糖污染可以分別用我們公司的DNA Erasol 和PS Erasol去除。

疑難解答：

Q：上樣孔里的紅色熒光物一定是污染的基因組DNA嗎？

A：不是。用TAE或TBE電泳液和非變性膠電泳RNA時容易產生此現象，我們公司初步研究發現大部分紅色熒光物是變性不充分的單鏈RNA通過堿基互補或通過硼酸絡合（如果使用TBE作電泳液的話）形成的復合物，加RNase處理后，這些紅色熒光物一般會消失。為避免此現象，建議zui好使用甲醛變性膠電泳。如果需要使用非變性膠，也必須在上樣前使RNA變性。使用我們公司優化的上樣/變性/染色三用溶液RNAON可以使RNA在非變性膠上電泳時也有較好分辨率。使用非變性膠時，可以使用TAE或超快電泳液SuperBuffer-2,zui好不要使用TBE緩沖液，因為TBE中的硼酸能與RNA的多羥基形成復合物，RNA很難形成銳利的條帶。

Q：如何確認和去處除污染的基因組DNA？

A：如果懷疑有DNA污染，可以用RNase處理RNA樣品，然后再電泳。如果上樣孔里的紅色熒光物不消失，則表示是基因組DNA污染。進一步確認可以使用PCR擴增法。去除污染的DNA可以使用非酶的DNA去除劑DNA Erasol或RNase-free DNase，由于RNase-free DNase一般都有殘留的RNase污染，所以必須嚴格按照廠家提供的使用手冊進行操作。

Q：為何提取的RNA電泳時帶型不清楚或根本沒有條帶？

A：可能原因：1、電泳沒有使用MOPS緩沖液+甲醛變性膠；2、沒有使用RNA專用的上樣液或使用的RNA專用的上樣液放置時間過長；3、植物組織樣品中RNase很多，可以使用RVC（部分植物果實需要此處理）；4、植物組織中含多酚等影響提取的物質（如松柏等植物），可以在溶液A中加入終濃度為0.1 M的硼氫化鈉。