目前色譜質譜聯用儀在分析儀器中具有重要地位。由于色譜儀的色譜柱具有的分離能力，把物質按保留時間大小進行分離，然后通過與標樣保留時間進行對比的方法確定物質性質，因此對未知樣品很難定性分析。而質譜儀是直接測定物質的質量數與電荷的比值（m/z）在定性分析方面既準確又快速。把色譜與質譜聯合起來使用，色譜質譜聯用儀型式試驗實際上是把質譜儀作為色譜儀的一個通用檢測器來使用。
色譜質譜聯用儀基本工作原理
為了質譜儀器的正常工作，必須要組成高真空系統的真空室。儀器使用了高性能的渦輪分子泵與前級真空泵構成兩級真空機組以確保所需的真空。被分析樣品經毛細管柱分離，進入離子源。采用電子電力標準配置（EI），產生正離子，在推斥、聚焦、引出電的作用下將正離子送入四桿系統。四桿在高頻電壓與正負電壓聯合作用下形成高頻電場，在掃描電壓作用下，只有符合四場運動方程的離子才能通過四桿對稱中心到達離子檢測器，再經離子流放大器放大，產生質譜信號。得到了質譜圖，通過解釋譜圖或進行譜庫檢索以識別未知樣品的組成。
色譜質譜聯用儀組成部分
（一）、真空系統：
2級真空：
機械泵和渦輪分子泵
機械泵一般時前級真空，也就是在機械泵把真空降到一定水平后才啟動渦輪分子泵，以保護分子泵。所以儀器從大氣壓到真空合適的狀態一般要經過一段時間的。
（二）、進樣系統：
從分離裝置來的組分（氣體或者液體）或者從直接進樣桿進液體或者固體樣品。
（三）、離子源
離子源： 主要作用是使欲分析的 樣品實現離子化，尤其是中性物質帶上電荷。
樣品本身性質的差異，決定了離子化的方式不能有的離子源，離子源的類型也是多種多樣。
（四）、質量分析器
質量分析器是質譜儀的核心部件，因此常以質量分析器的類型來命名一臺質譜儀。
( 五）、檢測器：目前是光電倍增器應用較廣。
( 六）、采集數據和控制儀器的工作站。 
色譜質譜聯用儀應用范圍
1、應對各種突發事件，如有害物質泄漏、重大環境災害等。
2、凡是需要氣相色譜儀進行檢測的場合，特別是對未知樣品進行定性分析的地方。
3、反恐斗爭、禁毒緝毒、爆炸物品分析等。