這是影響準確性和一致性的關鍵之一，可按照<<醫院消毒衛生標準附錄A（規范性附錄）采樣及檢查方法>>等規范要求再參照生物手持式ATP生物熒光檢測儀使用說明書采樣、檢測、計算得出結果并記錄報告。采樣：（面積類）將ATP拭子采樣棒一支在物體表面或雙手指曲面從指跟到指端來回涂擦個兩次（一只手涂擦面積約30cm2），并隨之轉動采樣拭子。（體積類）將ATP拭子采樣棒一支在待測液體充分浸濕。檢測：將拭子放入手持ATP儀，獲得被測樣本與細菌污染程度相對應的ATP生物熒光值，得出菌落數指標（詳見下文操作步驟及定標評價）。另外天隆牌ATP儀自帶的專用軟件能自動將ATP熒光值儲存、處理和傳輸。