1、色譜柱的平衡
    反相色譜柱由工廠測試后是保存在乙腈/水中的。新柱應先使用10－20倍柱體積的甲醇或乙腈沖洗色譜柱。請一定確保您分析樣品所使用的流動相和乙腈/水互溶。 每天用足夠的時間以流動相來平衡色譜柱，您就會在處理問題方面獲得大的”補償”，而且您的色譜柱的壽命也會變得更長！操作步驟：
    平衡開始時將流速緩慢地提高，用流動相平衡色譜柱直到獲得穩定的基線（緩沖鹽或離子對試劑流速如果較低，則需要較長的時間來平衡）
    如果使用的流動相中含有緩沖鹽，應注意用純水”過渡”即每天分析開始前必須先用純水沖洗30分鐘以上再用緩沖鹽流動相平衡； 分析結束后必須先用純水沖洗30分鐘以上除去緩沖鹽之后再用甲醇沖洗30分鐘保護柱子。
    2、色譜柱的再生
    長期使用的色譜柱，往往柱效會下降（柱子的理論塔板數減低）。可以對色譜柱進行再生，在有條件的實驗室應使用一個廉價的泵進行柱子的再生。
    3、色譜柱的維護
    使用預柱保護分析柱（硅膠在性流動相/離子性流動相中有一定的溶解度）；
    大多數反相色譜柱的pH穩定范圍是2－7.5，盡量不超過該色譜柱的pH范圍；
    避免流動相組成及性的劇烈變化；
    流動相使用前必須經脫氣和過濾處理；
    如果使用性或離子性的緩沖溶液作流動相，應在實驗完畢柱子沖洗干凈，并保存于甲醇或乙腈中；
    氯化物的溶劑對其有一定的腐蝕性，故使用時要注意，柱及連接管內不能長時間存留此類溶劑，以避免腐蝕。