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古朵技術(shù):質(zhì)粒提取實(shí)驗(yàn)步驟

發(fā)布時(shí)間:2020-07-06瀏覽次數(shù):1116返回列表

實(shí)驗(yàn)原理

現(xiàn)在較常用的質(zhì)粒提取方法有三種:堿裂解法、煮沸法和去污劑裂解法,前兩種方法較為劇烈,適用于較小的質(zhì)粒(<15Kb),而去污劑裂解法則比較溫合,一般用于分子量較大的質(zhì)粒(>15Kb)。


堿裂解法是一種zui廣泛使用的制備質(zhì)粒DNA的方法。其原理為:染色體DNA遠(yuǎn)大于質(zhì)粒DNA,且染色體DNA為線狀分子,而質(zhì)粒為共價(jià)閉合環(huán)狀分子。當(dāng)pH值為 12.0-12.6,堿性環(huán)境中,線性的大分子的染色體DNA完全變性且無(wú)法復(fù)性,而共價(jià)閉環(huán)質(zhì)粒DNA在將PH調(diào)至中性后即可恢復(fù)其天然構(gòu)象;在高鹽濃度存在的條件下,染色體DNA和蛋白質(zhì)在去污劑SDS的作用下形成沉淀,而質(zhì)粒DNA為可溶狀態(tài),通過(guò)離心可除去大部分細(xì)胞碎片、染色體DNA、RNA及蛋白質(zhì),質(zhì)粒DNA仍在上清中。殘留的雜質(zhì)可以通過(guò)酚氯-仿處理掉。


實(shí)驗(yàn)過(guò)程

1、實(shí)驗(yàn)試劑

(1)溶液Ⅰ 50mMl 葡萄糖 / 10mMl EDTA / 25mMl Tris-HCl,pH=8.0;

(2)溶液Ⅱ 0.2Ml NaOH / 1% SDS;

(3)溶液Ⅲ 3Ml 醋酸鉀 / 2Ml 醋酸;

(4)異-丙醇,無(wú)水乙醇,75%乙醇應(yīng)放-20℃冰箱預(yù)冷備用;

酚氯-仿放4℃冰箱預(yù)存;

(5)搖菌,2-3ml相應(yīng)抗性的LB培養(yǎng)液,在37℃溫度下過(guò)夜培養(yǎng)。

2、質(zhì)粒提取

(1)菌液12000rcf離心5min,棄掉上清,加入0.2ml溶液I(已加入RNase),充分混勻后,加入0.25ml溶液II,顛倒混勻,室溫放置5min,加入0.4ml 溶液III,顛倒混勻后,13000rcf 離心30min。

(2)上清轉(zhuǎn)入新的1.5mlEP管中,加入等體積的酚氯-仿混合液,充分混勻。10000rcf 離心10min。

(3)取上清,轉(zhuǎn)入新的EP管,加入等體積、預(yù)冷的異-丙醇,充分混勻后,13000rcf 離心 6min。

(4)倒掉上清液,用1ml預(yù)冷的75%乙醇,顛倒后,13000rcf 離心 1min。

(5)倒掉上清液,沿壁加入1ml預(yù)冷的75%乙醇,直接倒掉。

(6)沿壁加入1ml預(yù)冷的乙醇,直接倒掉。倒扣5min后,室溫下放置10min。

待管內(nèi)液體會(huì)發(fā)干凈后,向管內(nèi)加入100ul水,55℃孵育5min。

(7)所得質(zhì)粒溶液可以放入-20℃中長(zhǎng)期保存。


注意事項(xiàng)

  1. 若菌株為革蘭氏陽(yáng)性菌,該菌有一層細(xì)胞壁,必須加入溶菌酶才能使之溶解。
  2. 搖床速度不宜過(guò)高。達(dá)到OD600 1.5即可。
  3. 溶液I加入RNase后需要放在4℃中保存,以防酶失活。
  4. 溶液II和溶液III使用前需注意觀察是否有沉淀,如有沉淀可37℃水浴處理。
  5. 溶液II處理菌體時(shí)間應(yīng)控制在5分鐘以內(nèi)。

常見(jiàn)問(wèn)題及解決方法

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      常見(jiàn)問(wèn)題

      原因

      解決辦法

      質(zhì)粒濃度低

      溶液處理不充分

      增加溶液I/II/III的加入量,或降低菌液體積。

       

      質(zhì)粒拷貝數(shù)低

      增加搖菌量,并降低zui后的溶解體積

       

      菌體老化

      重新質(zhì)粒轉(zhuǎn)化或劃線后挑取單克隆搖菌

       

      乙醇?xì)埩?

      乙醇的存在會(huì)影響質(zhì)粒的溶解和回收,須延長(zhǎng)乙醇揮發(fā)時(shí)間

       

      洗脫液不合適

      可配置合適的EB(10mM Tris-HCl, 1mMEDTA,pH8.5)

       

      洗脫體積較小

      在保證質(zhì)粒濃度的前提下,增加洗脫液的體積

      質(zhì)粒有雜帶

      菌液污染

      重新質(zhì)粒轉(zhuǎn)化或劃線后挑取單克隆搖菌

       

      試劑污染

      質(zhì)粒提取溶液重新配置,zui后溶解液高壓滅菌后使用