薄層色譜掃描儀用于薄層色譜板或電泳板的光密度掃描。薄層定量工作zui初是通過目視法或測面積法，對薄層上分離的斑點與標準品行含量估計，但由于方法粗糙，可引起很大誤差。后來將斑點定量收集后，結合比色法或紫外分光光度法等行定量，雖然準確度有所提，但操作復雜，工作效率低。因此多年來薄層色譜法只能停留在分離鑒定和半定量的水平。70 年代后各學者結合薄層色譜法的點相繼設計出各種型號的薄層色譜儀，使薄層定量工作入了儀器化、自動化的階段，從而使薄層色譜法成為微量、快速定量分析的有力手段。以下內容講解薄層色譜掃描儀的正確使用方法。
    、薄層板制備除另有規定外,將1份固定相和3份水在研缽中向方向研磨混合,去除表面的氣泡后，倒入涂布器中,在玻板上平穩地移動涂布器行涂布 (厚度為0.2～0.3mm)，取下涂好薄層的玻板，置水平臺上于室溫下晾干，后在110℃烘30分鐘，即置有干燥劑的干燥箱中備用。使用前檢查其均勻度 (可通過透射光和反射光檢視)。
    二、點樣除另有規定外，用點樣器點樣于薄層板上，般為圓點，點樣基線距底邊2.0cm，樣點直徑及點間距離同紙色譜法,點間距離可視斑點擴散情況以不影響檢出為宜。點樣時必須注意勿損傷薄層表面。
    三、展開展開缸如需預用展開劑飽和，可在缸中加入足夠量的展開劑，并在壁上貼二條與缸樣、寬的濾紙條，端浸入展開劑中，密封缸的蓋，使系統 平衡或按正文規定操作。將點好樣品的薄層板放入展開缸的展開劑中,浸入展開劑的深度為距薄層板底邊0.5～1.0cm(切勿將樣點浸入展開劑中),密封缸 蓋,待展開至規定距離(般為10～15cm),取出薄層板，晾干，按各品種項下的規定檢測。
    四、如需用薄層掃描儀對色譜斑點作掃描檢出，或直接在薄層上對色譜斑點作掃描定量，則可用薄層掃描法。