WH0207 DNA片段化試劑

產品簡介
DNA片段化試劑是高品質的基因結構和功能產品,由北京百奧萊博供應,本產品僅用于生物化學研究方面,本產品質量好,且具價格,深為用戶稱道,了解更多DNA片段化試劑等基因結構和功能產品請聯系我司咨詢訂購。...
產品詳細介紹
特別提示:包括DNA片段化試劑在內,本公司的所有產品僅可用于科研實驗,嚴禁用于臨床醫療及其他非科研用途!
產品名稱:DNA片段化試劑
英文名稱:DNA Fragmentation Reagent
產品貨號:WH0207
產品規格:24次|96次
本制品為高通量測序平臺文庫構建配套試劑盒,用于文庫構建前的大片段DNA片段化。模塊利用時間依賴型酶促反應的原理,根據不同的作用時間將雙鏈DNA隨機切割成200~500 bp的片段,所得片段為平末端雙鏈DNA片段,5"端基團含有5"-P,3"端基團含有3"-OH,可直接進行后續的dA或adapter添加。通過本制品對雙鏈DNA隨機的切割,表明本產品不具堿基偏好性,且不同類型切割DNA片段的測序覆蓋率與機械切割一致。
適用范圍:為構建NGS文庫制備片段化的雙鏈DNA。
適用樣本量:1ng~1μg DNA
產品特點:
·無需特殊儀器設備,通過酶促反應簡便快速的片段化雙鏈DNA。
·使用靈活,通過調整片段化時間,靈活調整DNA片段化長度。
·反應,單個反應體系即可完成1ng~1μg DNA樣本的片段化。
產品組成:
| 組分 | 24次 | 96次 |
| 5×Frag Enzyme Mix | 240μl | 960μl |
| 10×Frag Buffer | 120μl | 480μl |
| Nuclease-Free ddH2O | 1ml | 4×1ml |
保存條件:-25~-15℃保存,避免反復凍融,保質期為一年。
注意事項:(請務必在使用本試劑盒之前閱讀此注意事項)
1.操作過程請注意避免核酸樣品和產物之間的交叉污染。
2.請使用不含RNA酶或DNA酶的槍頭、EP管進行試驗。
3.試驗開始前,請清潔操作臺,確保沒有RNA酶和DNA的污染。
4.進行文庫擴增前,請確保PCR儀已經調試好并處于穩定的狀態。
5.試驗前請仔細閱讀說明書,如果需要暫停試驗,或者無需立即進行下游試驗??筛鶕f明書推薦將試驗產物保存于-20℃并安排后續試驗。
推薦使用的其他試劑:
1.DNA末端修復/加dA尾試劑(WH0209-01/02)
2.adapter快速連接試劑(WH0201-01/02)
3.NGS文庫富集試劑(WH0210-01/02)
操作步驟:
一、試驗準備
1.在開始實驗前,明確核酸的濃度及純度至關重要,推薦DNA上樣量為1ng~1μg。DNA需溶解于以下溶液中:去離子水、10mM Tris、Buffer EB或LoTE(0.1×TE)等。
注意:
?確定上樣DNA濃度至關重要,尤其在上樣量低于100 ng時。推薦使用Qubit、Picogreen或者其他染料法對DNA濃度進行準確定量。
?請確認DNA溶液中不含陽離子及螯合劑。如果DNA溶解于1×TE或不確定DNA溶液中的EDTA濃度,使用Agencourt AMPure XP磁珠進行純化。
2.將各試劑置于冰上,5×Frag Enzyme Mix融化后用手指后輕彈混勻,不要渦旋。其余試劑可短暫渦旋混勻。
二、試驗步驟
1.照下表設置PCR儀反應程序。開啟熱蓋,熱蓋溫度設置為70度。
| 操作步驟 | 溫度 | 時間 |
| 1 | 4℃ | 1min |
| 2 | 32℃ | 3-22min* |
| 3 | 65℃ | 30min |
| 4 | 4℃ | 保持 |
*注:確切的片段化反應時間需要根據DNA的實際上樣量進行優化。下表1中列出100ng DNA片段化所需的時間。用戶可以依據此時間進行調整。調整過程中,我們推薦額外設置一個反應時間延長3min以及一個縮短3min的對照,這樣有助于確定切割至所需片段大小時所需要的準確反應時間。
表1:片段化時間選擇表
| 片段化時間(min)(32℃) | ||||
| DNA主峰大小 | 200bp | 300bp | 400bp | 500bp |
| 100ngDNA上樣量 | 15 | 8 | 5 | 3.5 |

圖1.100ng大腸桿菌基因組DNA片段化圖譜(3~22 min)
2.在薄壁管中按下表配制反應體系,冰上操作,各組分加入后,請輕柔吸打混勻,注意不要渦旋。
| 成分 | 用量(μl) |
| 10×Frag Buffer | 5 |
| DNA樣本 | X |
| Nuclease-Free ddH2O | (35-X)* |
| 總體積 | 40 |
*注:對于多個反應,請計算所需試劑的總體系并在此基礎上增加體系10%,以避免因溶液轉移過程中掛壁損失而造成分裝反應數不足的問題。
3.向薄壁管中加入10μl 5×Frag Enzyme Mix,輕柔吹打6~8次,不要渦旋。
注:此過程需一直處于冰浴中進行。
4.將薄壁管短暫離心,收集溶液至管底后,立即轉移至4℃預冷的PCR儀中,啟動步驟1中的反應程序。
5.當反應程序結束,PCR儀溫度降至4℃后,將薄壁管從PCR儀中取出并置冰上。立即進行下一步實驗操作。
根據您的關注的DNA片段化試劑,您可能還對以下產品有需求:
名稱:CCK mRNA原位雜交試劑盒
貨號:ZN0219
規格:100T
基本信息:
保存條件:4℃保存一年
工作量:100張切片。
有效期:一年。
適用種屬:rat
標記方式:3’—尾段標記
試劑盒中內容:
1.胃蛋白酶(×10; Pepsin)2ml;
2.預雜交液 2ml;
3.CCK mRNA原位雜交試劑盒寡核苷酸探針雜交液 2ml;
4.封閉液 5ml;
5.生物素化鼠抗地gāo辛 5ml;
6.SABC-POD 5ml;
7.生物素化過氧化物酶 5ml。
用戶自備試劑:
原位雜交專用蓋玻片;POLY-L-LYSINE;DEPC;20%甘油
緩沖液(3%檸檬酸,2×SSC,0.5×SSC,0.2×SSC,原位雜交用 PBS)
一.培養細胞和冰凍切片
準備工作:
固定液:4%多聚甲醛/0.1 M PBS(PH7.2-7.6);1%多聚甲醛/0.1 M PBS(PH7.2-7.6)
3%檸檬酸——100ml蒸餾水中加檸檬酸(C6H8O7?H2O)3g,PH2.0左右。
2×SSC——1000ml蒸餾水中加氯化鈉17.6g,檸檬酸三鈉(C6H5O7Na3?2H2O,分子量294)8.8g。
0.5×SSC——300ml蒸餾水加100ml 2×SSC即可。
0.2×SSC——270ml蒸餾水加30ml 2×SSC即可。
20%甘油——20ml甘油加80ml蒸餾水即可。
原位雜交用PBS(1000ml蒸餾水加氯化鈉30g,Na2HPO4?12H2O 6g,NaH2PO4?2H2O 0.4g),PH7.2-7.6。
操作程序:
注意:zuì重要的是及時固定,并在固定液中加入0.1%的DEPC處理,以抑制RNA酶對mRNA的分解作用。此外,過度固定對原位雜交有明顯的不利影響。
1.玻片的處理:一般采用多聚賴氨酸或APES。切片厚度10-20μm。
2.細胞在多聚賴氨酸處理的蓋玻片上進行培養,條件為37℃和5%的CO2,所用培養基為Dulbecco基礎培養基。細胞長好后0.1M PBS(PH7.4)洗2分鐘×3次。
3.培養細胞和冰凍切片均可用下述方法固定:固定液為4%多聚甲醛/0.1 M PBS(PH7.2-7.6),含有1/1000 DEPC。室溫固定 20--30分鐘。蒸餾水充分洗滌,干燥后-20℃冰凍可保存2周以上。
4.30%H2O2 1份+純甲醇50份混合,室溫處理30分鐘。蒸餾水洗滌3次。
5.暴露mRNA核酸片段:切片上滴加3%檸檬酸新鮮稀釋的胃蛋白酶(1ml 3% 檸檬酸加2滴濃縮型胃蛋白酶,混勻),37℃或室溫消化5—120秒鐘。有時也可以不消化。原位雜交用 PBS洗3次×5分鐘。蒸餾水洗1次。
6.后固定:胃蛋白酶消化后才需要。固定液為1%多聚甲醛/0.1 M PBS(PH7.2-7.6),含有1/1000 DEPC。室溫固定 10分鐘。蒸餾水洗滌3次。
7.預雜交:濕盒的準備——干的雜交盒底部加20%甘油20ml以保持濕度。按每張切片20μι加預雜交液。恒溫箱38-42℃2—4小時。吸取多余液體,不洗。
8.雜交——按每張切片20μι雜交液,加在切片上。將原位雜交專用蓋玻片的保護膜揭開后,蓋在切片上。恒溫箱38-42℃雜交過夜(根據雜交情況可以調節)。
9.雜交后洗滌:揭掉蓋玻片,37℃左右水溫的2×SSC洗滌5分鐘×2次;37℃0.5×SSC洗滌15分鐘×1次; 37℃0.2×SSC洗滌15分鐘×1次(如果有非特異性染色,重復0.2×SSC洗滌15分鐘×1-2次)。
10.滴加封閉液:37℃30分鐘。甩去多余液體,不洗
11.滴加生物素化鼠抗地gāo辛:37℃ 60分鐘或室溫120分鐘。原位雜交用PBS洗5分鐘×4次。勿用其它緩沖液和蒸餾水洗滌。
12.滴加SABC:37℃20分鐘或室溫30分鐘。原位雜交用PBS洗5分鐘×3次。勿用其它緩沖液和蒸餾水洗滌。
13.滴加生物素化過氧化物酶:37℃20分鐘或室溫30分鐘。原位雜交用PBS洗5分鐘×4次。
14.DAB顯色:使用DAB顯色試劑盒—1ml蒸餾水加顯色劑A,B,C各一滴,混勻,加至標本上。一般顯色20-30分鐘。若無背景出現則可繼續顯色。也可自配DAB顯色劑后顯色。充分水洗。
15.必要時蘇木素復染,充分水洗。
16.酒精脫水,二甲苯透明,封片。
二.石蠟切片
如果有條件的話,應盡可能地采用新鮮標本。標本離體后,及時予以固定。固定液為4%多聚甲醛/0.1 M PBS(PH7.0-7.6),含有1/1000 DEPC。標本較大時用刀片切成厚度不超過4mm的小塊,固定1小時即可,較大的標本固定不要超過2小時。某些組織對過度固定尤其敏感,如動物大腦,固定時間30-40分鐘,一般不要超過1小時。
1.常規脫水、浸蠟、包埋。切片厚度6-8μm。
2.玻片的處理:一般采用多聚賴氨酸或APES。
3.石蠟切片經常規脫蠟至水。30%H2O2 1份+蒸餾水10份混合,室溫5-10分鐘以滅活內源性酶。蒸餾水洗3次。
4.暴露mRNA核酸片段:切片上滴加3%檸檬酸新鮮稀釋的胃蛋白酶(1ml 3% 檸檬酸加2滴濃縮型胃蛋白酶,混勻),37℃或室溫消化3--30分鐘(視標本新舊、厚薄自行調整)。用戶可以比較不同的消化時間,例如5分鐘,10分鐘,20分鐘,30分鐘。以找到zuì佳的消化時間。原位雜交用PBS洗3次×5分鐘。蒸餾水洗1次。其余步驟和冰凍切片6-16步相同。
結果觀察:
CCK的細胞胞漿著色呈棕黃色。
注意事項:
由于特定的mRNA序列僅占總mRNA的少數,加上基因僅由四個堿基排列組合而成,因此原位雜交容易出現非特異性染色。通過不加探針和用陰性標本做對照,基本可以確定染色是否為特異性的。有明顯的非特異性染色現象時,用預雜交液對含探針的雜交液進行稀釋,一般稀釋2—10倍;并應加強探針雜交后的洗滌。如果有少量的細胞核著色屬于正常情況;如果出現大量的細胞核著色,往往和標本固定時間過長有關,應重新處理標本。
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